Phương pháp chế biến hạt cà phê yếm khí - cà phê lên men bằng phương pháp kỵ khí (Anaerobic coffee) cũng là một trong những phương pháp tạo ra dòng sản phẩm Specialty Coffee. Hạt cà phê này được lên men, tạo ra hương vị của các vị trái cây, thơm nồng nàn không còn nhiều vị đắng gắt đặc trưng. Cũng như phương pháp chế biến Natural Coffee, hạt quả cà phê được lựa chọn những quả chín đỏ mọng, được rửa sạch loại bỏ tạp chất, trái hạt nhẹ lép sau đó được đưa vào bao bì kín không cho không khí lọt vào, thời gian lên men từ 3-5 ngày hoặc có thể kéo dài hơn tùy theo mục đích tạo ra hương vị khác nhau. sau thời gian ủ lên men, hạt cà phê được rửa sạch lớp nhầy trước khi được phơi khô.
